Soutenance de thèse de Eugene CHRISTO-FOROUX

Le projet de thèse porte sur l'exploration de la biodiversité microbienne, incluant celle des virus à ADN, d'échantillons de cryosol russes plus ou moins anciens. Deux approches ont été utilisées: analyse de l'ADN total des échantillons de sol par métagénomique et réactivation de virus géants capables d'infecter des protozoaires du genre Acanthamoeba castellanii. Ainsi 12 métagénomes de sols gelés et non gelés ont été produit. De plus, 4 nouveaux virus ont été réactivés parmis lesquels Mollivirus kamchatka. Depuis la reactivation en 2015 de deux nouveaux virus géants: pithovirus et mollivirus, anciens de 30.000 ans et inconnus jusqu'alors aucun autre mollivirus n'a été découvert. La réactivation de Mollivirus kamchatka a partir d'un échantillon de cryosol moderne a donc été l'occasion de realiser une analyse génomique comparative entre ces deux representant, conduisant ainsi à porposer les Molliviridae comme nouvelle famille de virus géant. La découverte d'un nouveau pandoravirus, baptisé pandoravirus Y4, dans un échantillon de cryosol presentant des singularités en terme de structure du génome a été l'occasion de se pencher sur la structure fine des génomes de pandoravirus. Pour finir, l'analyse des métagénomes a permis de confirmer la présence des virus reactivés dans les echantillons et levé beaucoup de questions quant à la diversité des microorganismes réellement infectieux contenus dans ses sols.

The thesis project focuses on the exploration of microbial biodiversity, including that of DNA viruses, of Russian cryosol samples from various time periods. Two approaches were used to assess the microbial diversity in the samples: total DNA analysis using metagenomics and reactivation of giant viruses capable of infecting protozoa of the genus Acanthamoeba castellanii. Thus 12 metagenomes from frozen and unfrozen soils were produced. In addition, 2 new viruses have been reactivated and analyzed among which Mollivirus kamchatka. Since the reactivation in 2015 of two new giant viruses: pithovirus and mollivirus from a 30,000 years old pemafrost sample no other mollivirus were discovered. The reactivation of Mollivirus kamchatka from a modern cryosol sample was therefore the opportunity to carry out a comparative genomic analysis between these two representatives, thus leading to the proposition of Molliviridae as a new family of giant viruses. The discovery of a new pandoravirus, called pandoravirus Y4, in a cryosol sample exhibiting peculiarities in terms of genome structure was an opportunity to examine the fine structure of pandoravirus genomes. Finally, the analysis of metagenomes made it possible to confirm the presence of reactivated viruses in the samples and raised many questions as to the diversity of truly infectious microorganisms contained in its soils.