Soutenance de thèse de Dalal NOUR

A partir de fin 2019, le monde entier a été perturbé par l’apparition d’une nouvelle maladie à coronavirus, la COVID-19, détectée pour la première fois dans la ville du Wuhan, en Chine, puis propagée à travers le monde, aboutissant à une pandémie mondiale. Cette maladie est causée par un virus à ARN de polarité positive, simple brin, avec un taux de mutation élevé, appelé coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui a rapidement donné naissance à différentes lignées, provoquant des épidémies superposées ou successives. Plusieurs vaccins contre la COVID-19 ont été conçus. Le Liban, petit pays de la région de la Méditerranée orientale, a été fortement touché par la COVID-19, comptant plus d'un million de personnes infectées au 23 juin 2024, tandis que le nombre de séquences libanaises dans la banque GISAID ne dépassait pas 0,26 % du nombre de cas documentés. De plus, les réponses immunitaires générées après la vaccination ou l’infection ont été peu étudiées. Dans ce contexte, les travaux de cette thèse ont été divisés en deux axes. Le premier est un axe épidémiologique génomique, caractérisant les lignées circulantes du SRAS-CoV-2 au Liban par séquençage du génome entier entre Juillet 2020 et Février 2021. Notre première étude génomique a montré que, pendant cette période, B.1.398 était la lignée prédominante au Liban. Il est intéressant de noter que le Liban a joué le rôle d’un diffuseur potentiel de cette lignée dans différentes régions du monde. Notre deuxième étude a utilisé l'approche de « quantitative reverse transcription polymerization chain reaction » (RT-qPCR) pour détecter les variants Alpha et Delta et les sous-variants Omicron au cours des trois premières années de la pandémie au Liban, présentant cette approche comme réalisable, précise et peu coûteuse. Le deuxième axe de cette thèse a porté sur l’évaluation des anticorps anti-spike SRAS-CoV-2 dans une population d'adultes vaccinés au Nord-Liban. Notre étude a retrouvé que l'âge était inversement corrélé à la réponse immunitaire, et que le vaccin BTN162B2 était plus efficace que le vaccin AZD1222 en prévention de l’infection. En conclusion, cette thèse a fourni de nouvelles informations aux données libanaises concernant l’ épidémiologie, la génomique et le statut sérologique pour les infections à SRAS-CoV-2. Néanmoins, des investigations et des suivis plus approfondis sont nécessaires pour mieux caractériser et compléter rétrospectivement et prospectivement la connaissance des lignées circulantes du SARS-CoV-2 et l’état immunitaire de la population vis-à-vis de ce virus au Liban.

From the end of 2019, the entire world was disrupted by the emergence of a new coronavirus disease, COVID-19, first detected in the city of Wuhan, China, and that then spread across the world, resulting in a global pandemic. This disease is caused by a single-stranded, positive-sense RNA virus with a high mutation rate, named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), which rapidly gave rise to different lineages, causing superimposed or successive epidemics. Several vaccines against COVID-19 have been designed. Lebanon, a small country in the Eastern Mediterranean region, has been heavily affected by COVID-19, with more than a million people infected as of June 23, 2024, when the number of Lebanese sequences in the GISAID did not exceed 0.26% of the number of documented cases. In addition, the immune responses generated after vaccination or infection have been scarcely studied. In this context, this thesis works were divided into two axes. The first is a genomic epidemiological axis, characterizing the circulating lineages of SARS-CoV-2 in Lebanon by whole genome sequencing between July 2020 and February 2021. Our first genomic study showed that, during this period, B.1.398 was the predominant lineage in Lebanon. It is interesting to note that Lebanon played the role of a potential disseminator of this lineage in different regions of the world. Our second study used the “quantitative reverse transcription polymerization chain reaction” (RT-qPCR) approach to detect Alpha and Delta variants and Omicron sub-variants during the first three years of the pandemic in Lebanon, presenting this approach as feasible, precise and inexpensive. The second axis of this thesis focused on the evaluation of anti-SARS-CoV-2 spike antibodies in a population of vaccinated adults in North Lebanon. Our study found that age was inversely correlated with the immune response, and that the BTN162B2 vaccine was more effective than the AZD1222 vaccine in preventing infection. In conclusion, this thesis provided new insights to Lebanese data regarding epidemiology, genomics and serological status for SARS-CoV-2 infections. Nevertheless, more in-depth investigations and monitoring are necessary to better characterize and complete retrospectively and prospectively the knowledge of the circulating lineages of SARS-CoV-2 and the immune state of the population regarding this virus in Lebanon.