Soutenance de thèse de Alicia BEYOU

Le Lymphome Folliculaire (FL), second lymphome le plus fréquent de l’adulte, est une hémopathie lymphoïde B du centre germinatif (GC) à évolution clinique indolente. Malgré une réponse souvent favorable aux traitements de première ligne, le FL est considéré comme incurable car la maladie évolue en cycles de rechutes/rémissions, devenant progressivement résistante à la thérapie. De nombreuses études suggèrent que ces rechutes proviennent d’un réservoir de rares cellules précurseurs/persistantes cancéreuses (CPC) qui sont probablement tolérantes au traitement en se localisant dans une niche propice telle que la moelle osseuse (MO) et/ou en adoptant un état spécifique. Jusqu’à présent, les techniques de profilage “bulk” ont empêché leur identification précise. Afin d’étudier l’hétérogénéité du FL et les mécanismes de persistance, nous avons étudié une collection unique d’échantillons longitudinaux de MO de 16 patients issus d'un essai clinique de phase III évaluant l’efficacité d’une monothérapie anti-CD20, collectés au diagnostic et lors de la rémission post-thérapie, et appliqué une approche multimodale en cellules uniques combinant l’expression génique et la clonalité des récepteurs B (BCR) et T (TCR). Le profilage transcriptomique des cellules FL médullaires a mis en évidence 6 états cellulaires récurrents et partagés entre patients, présentant des similitudes à ceux observés dans des ganglions FL. Notamment, nous avons identifié des programmes transcriptomiques de type « GC-like », « Memoire-like » et « NFκB-like » co-évoluant dans un microenvironnement favorable à la tumeur. L’évaluation du clonotype BCR a permis de suivre de rares cellules FL persistantes révélant des caractéristiques moléculaires spécifiques pouvant représenter des vulnérabilités thérapeutiques potentielles.

Follicular Lymphoma (FL) is a disseminated B-cell neoplasia of the germinal center (GC) characterized by slow progression and long asymptomatic course. Despite a favorable response to first-line regimens, FL is considered incurable as most patients undergo a relapse/remitting periods suggesting that therapy does not completely eradicate residual tumor cells. The current lymphomagenesis model suggests that FL relapses seed from a reservoir of rare FL precursor/persister cells, which likely remain tolerant to treatment due to homing in a propitious niche such as the Bone Marrow (BM) and/or adopting a specific functional B-cell state. Yet, the rarity of such persister cells and the use of bulk analyses has so far hampered their identification. To study FL cell heterogeneity and persistence mechanisms, we harness a unique collection of longitudinal BM specimens from 16 newly diagnosed patients issued from a Phase III clinical trial evaluating anti-CD20 monotherapy in newly diagnosed FL patients obtained at diagnosis and one-year post-treatment and apply multi-modal single-cell analysis combining gene expression, BCR and TCR repertoire. We profiled 9,070 FL B-cells revealing a unique transcriptional signature indicative of significant inter-patient heterogeneity. Unsupervised metaclustering of FL cells uncovered 6 shared transcriptional states across patients, which showed some similarities with those observed in FL lymph nodes. Notably, we identified ‘GC-like’, ‘Memory-like’ and ‘NFκB-like’ metaclusters co-evolving within a tumor-permissive microenvironment. Based on BCR clonotype assessment, we were able to track clonally-related persistent FL tumor cells carrying specific molecular features with possible implications for the identification of ways to target persister cells.