Soutenance de thèse de Betty BONFANTE

Un des principaux objectifs de l'anthropologie biologique est de comprendre la diversité phénotypique humaine. Cette diversité provient de facteurs environnementaux et/ou génétiques. Dans cette thèse, j'ai contribué à l'identification des facteurs génétiques influençant la morphologie humaine. Je me suis concentrée sur la morphologie faciale et corporelle, qui ont toutes deux variées au cours de l'évolution humaine et présentent des variations importantes aujourd'hui. Pour ce faire, j'ai utilisé un échantillon d'étude de Latino-Américains présentant des origines génétiques natives américaines, européennes et africaines (comprenant plus de 6 000 individus). J'ai utilisé l'anthropométrie et la morphométrie géométrique pour générer des traits quantitatifs du visage et du corps, sur lesquels j'ai effectué une série d'analyses génétiques. J'ai découvert un total de 138 associations significatives à l'échelle du génome entre des régions génétiques et des traits. Ces associations impliquent 28 régions génomiques qui n'avaient pas été précédemment associées à des phénotypes du visage et/ou du corps, ainsi que 8 nouveaux signaux dans des régions déjà identifiées. Une sélection de ces associations a été validée par des analyses de suivi telles que l'analyse d'enrichissement, des réplications dans d'autres échantillons ou des investigations chez la souris. En outre, des associations avec des haplotypes ayant une fréquence élevée uniquement chez les natifs américains ont été trouvées, y compris un haplotype introgressé à partir d'hominidés archaïques. En outre, un effet de l’origine génétique native américaine/européenne sur le dimorphisme sexuel de la distribution de la graisse corporelle a été démontré et l'effet important de FBN1 sur la taille chez les individus ayant une origine génétique native péruvienne élevée a été confirmé. Mon travail apporte une contribution originale à la caractérisation de l'architecture génétique de la variation de l'apparence du visage et du corps dans la population générale, avec des implications biomédicales, anthropologiques et médico-légales.

One main goal of biological anthropology is to understand human phenotypic diversity. This diversity stems from environmental and/or genetic factors. In this thesis, I contributed to the identification of genetic factors influencing human morphology. I focused on facial and body morphology, both of which have varied throughout human evolution and show extensive variation today. To do so, I used a Native American/European/African admixed study sample from Latin America (including more than 6,000 individuals). I used anthropometry and geometric morphometrics to generate quantitative face and body traits, on which I performed a range of genetic analyses. I discovered a total of 138 genome-wide significant associations between genetic regions and traits. These associations involved 28 genomic regions not previously associated with face/body phenotypes, as well as 8 novel signals in previously identified regions. A selection of these associations was validated through follow-up analyses such as enrichment analysis, replications in other samples or investigations in mice. Furthermore, associations with haplotypes having high frequency only in Native Americans were found, including a haplotype introgressed from archaic hominins. Besides, an effect of Native American/European ancestry on body fat distribution sexual dimorphism was demonstrate and the important effect of FBN1 on height in individuals with high Native Peruvian ancestry was confirmed. My work makes an original contribution to the characterization of the genetic architecture of variation of face and body appearance in the general population; with biomedical, anthropological, and forensic implications.