Soutenance de thèse de Jihane KABTANI

Résumé La taxonomie des dermatophytes fait depuis des années l’objet de débat entre spécialistes, en particulier celle du complexe Trichophyton rubrum. Notre étude visait à mieux appréhender, en associant des approches génotypiques et phénotypiques innovantes, la taxonomie de ce complexe. Le récent avènement du séquençage à haut débit laisse espérer que l'analyse du génome entier contribuera à une meilleure compréhension de la phylogénie des dermatophytes. Nous avons mené une revue de la littérature dans laquelle nous avons décrit et comparé les données issues de toutes les études publiées sur les génomes de dermatophytes, permettant ainsi d'avoir une vision globale sur l’ensemble des connaissances acquises jusqu’à présent. Dans une première partie de notre travail, nous avons comparé les données génétiques de dix souches types du complexe T. rubrum aux données phénotypiques. Nos résultats ont montré que certaines espèces génétiquement proches présentaient des caractères phénotypiques distincts. En particulier, l’espèce T. fischeri, génétiquement proche et considérée comme un synonyme de T. rubrum, présentait un profil phénotypique distinct des autres espèces. Dans une seconde partie, nous nous sommes intéressés à analyser les génomes entiers d’une trentaine de souches de référence du complexe T. rubrum, isolées de diverses régions endémiques en Afrique, dans le but de reconstituer leur évolution écologique. Le séquençage des génomes étant toujours encore en cours, nous ne pouvons pas présenter les résultats de cette partie de notre travail. La troisième partie de notre travail de thèse, visait à améliorer le diagnostic en routine des dermatophytoses. Une première étude a été dédiée au développement d’un milieu de culture qui favoriserait la croissance des dermatophytes en inhibant celle des contaminants (Aspergillus spp.). Nous avons utilisé deux approches: un screening de neuf colorants vitaux et une caractérisation phénotypique avec le système Biolog. La première approche a donné des résultats encourageants pour trois colorants (Nigrosine, Orange II et Bromocresol pourpre) qui ont permis la purification d’isolats contaminés de T. rubrum. La validation de l’utilisation de ces milieux sur un plus large panel d’espèces contaminantes est en cours. La seconde étude visait à comparer les performances de deux PCR en temps-réel pour le diagnostic des dermatophyties dans une population sénégalaise : une qPCR « maison » utilisée en routine au CHU de Marseille et une qPCR commercialisée (Eurobio Scientific commercial kit) Les deux qPCR ont donné des résultats satisfaisants. Cependant la qPCR « maison » a présenté un indice de sensibilité plus élevé et était mieux adaptée au diagnostic des teignes. Finalement, nous avons mis au point une procédure pour l’identification de nouvelles espèces fongiques en combinant les caractères phénotypiques et génotypiques, que nous avons appliqué à la description de deux nouvelles espèces de mucorales : Syncephalastrum massiliense et Syncephalastrum timoneanum ; et à deux nouvelles espèces de levures : Coniochaeta massiliensis et Candida massiliensis. Mots-clés : Dermatophytes, Dermatophyties, Taxonomie, Génome, Génotype, Phénotype, qPCR, Filamenteux, mucorales, Levures.

Abstract The taxonomy of dermatophytes has been debated for years among specialists, especially that of the Trichophyton rubrum complex. Our study aimed to better understand the taxonomy of this complex by combining innovative genotypic and phenotypic approaches. The recent advent of high-throughput sequencing gives hope that whole genome analysis will contribute to a better understanding of the phylogeny of dermatophytes. We conducted a literature review in which we described and compared data from all published studies on dermatophyte genomes, thus providing a global view of the knowledge acquired so far. In a first part of our work, we compared the genetic data of ten typical strains of the T. rubrum complex with the phenotypic data. Our results showed that some genetically related species showed distinct phenotypic characters. In particular, the genetically related species T. fischeri, considered as a synonym of T. rubrum, showed a distinct phenotypic profile from the other species. In a second part, we were interested in analyzing the whole genomes of about thirty reference strains of the T. rubrum complex, isolated from various endemic regions in Africa, in order to reconstruct their ecological evolution. As the sequencing of the genomes is still in progress, we cannot present the results of this part of our work. The third part of our thesis aimed at improving the routine diagnosis of dermatophytosis. A first study was dedicated to the development of a culture medium that would promote the growth of dermatophytes by inhibiting that of contaminants (Aspergillus spp.). We used two approaches: a screening of nine vital dyes and a phenotypic characterization with the Biolog system. The first approach gave encouraging results for three dyes (Nigrosin, Orange II and Bromocresol purple) which allowed the purification of contaminated isolates of T. rubrum. Validation of the use of these media on a wider range of contaminating species is in progress. The second study aimed at comparing the performance of two real-time PCRs for the diagnosis of dermatophytes in a Senegalese population: "In-house" qPCR used routinely at the Marseille University Hospital and a commercial qPCR (Eurobio Scientific commercial kit). Both qPCRs gave satisfactory results. However, the "In-house" qPCR presented a higher sensitivity index and was better adapted to the diagnosis of tinea. Finally, we developed a procedure for the identification of new fungal species by combining phenotypic and genotypic characters, which we applied to the description of two new species of mucorales: Syncephalastrum massiliense and Syncephalastrum timoneanum; and to two new species of yeasts: Coniochaeta massiliensis and Candida massiliensis. Keywords: Dermatophytes, Dermatophyties, Taxonomy, Genome, Genotype, Phenotype, qPCR, Filamentous, mucorales, Yeasts.