Soutenance de thèse de Thongpan LEANGAPICHART

Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Pathologie Humaine - Spécialité Maladies infectieuses
établissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
Phenotypique,genomique,bacteries multi-resistantes,voyageurs,
Keywords
Phenotypic,genomic analysis,multidrug-resistant bacteria,travellers,
Titre de thèse
Etude phenotypique et genomique de bacteries multi-resistantes chez les voyageurs
Phenotypic and genomic analysis of multidrug-resistant bacteria in travellers
Date
Jeudi 6 Juillet 2017
Adresse
19-21 Boulevard Jean Moulin, 13005, Marseille
salle 1
Jury
Directeur de these Jean-Marc ROLAIN IHU Mediterranee Infection
Rapporteur Serge MORAND Institut des Sciences de l'Evolution Montpellier
Rapporteur Marie KEMPF CHU Angers
Examinateur Pierre-Edouard FOURNIER IHU Mediterranee Infection

Résumé de la thèse

La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème majeur mondial du fait de son augmentation. De nouveaux mécanismes et/ou bactéries résistantes ont émergé et ce sont propagés rapidement. Récemment, la transmission des bactéries résistantes aux humains, aux animaux et à l’environnements sont de plus en plus décrits dans la littérature. Ces dernières années, les voyages internationaux ont augmenté massivement ce qui a permis aux bactéries résistantes de se propager d’un lieu à un autre. Durant les voyages, les voyageurs changent d’alimentation, de mode de vies et d’environnements, ce qui entrainent une modification de la flore bactérienne de leur tube digestif. Les voyageurs internationaux sont les principaux acteurs de l’acquisition et de la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques. Le plus grand rassemblement annuel de personnes comme le pèlerinage à la Mecque (Hajj) est connu pour être un réservoir pour la transmission des maladies infectieuses telles que la grippe, les épidémies méningococciques ou la tuberculose. Par conséquent, les voyageurs en particulier les pèlerins représentent une source importante de propagation de bactéries multi-résistantes. Les études sur la transmission et l'acquisition de gènes de résistance pendant le Hajj sont rares. Par conséquence, ce projet de thèse a trois objectifs principaux permettant de mieux comprendre la prévalence des gènes de résistance et des bactéries au cours du Hajj: (i) l’étude de la surveillance épidémiologique des gènes de résistance chez les pèlerins avant et après le Hajj, (ii) l’étude des facteurs de risque d'analyse concernant l'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques chez les pèlerins, (iii) les études épidémiologiques moléculaires des bactéries résistantes chez les pèlerins et d'autres sources, tels que les patients, les animaux et l’environnement en utilisant des techniques comme le typage des séquences multilocus et le séquençage du génome complet.

Thesis resume

Antibiotic resistance (AR) bacteria is increasing and become a worldwide problem. New resistance bacteria or mechanisms are emerging and spreading rapidly. Recently, the transmission of AR bacteria among humans, animals, and other environments are increasingly recognized. As international travel has increased massively over the recent years resulting in the high of opportunities for AR bacteria to be carried rapidly from one geographic location to another. During trips, travellers changed diets, lifestyles, and their environments resulting in the alteration of AR patterns of bacteria residing in the gut. Thus, travellers and international tourists are one of the important modes for the acquisition and spread of AR genes. Largest annual mass gathering like the Hajj (pilgrimage to Mecca) is well known as a reservoir for infectious diseases transmission such as influenza, meningococcal outbreaks or tuberculosis. Hence, travellers especially pilgrims is one of the important sources for spreading AR bacteria. However, studies of the transmission and acquisition of AR genes during Hajj for pilgrims are scarce. Therefore, this research thesis was carried out with three main objectives to better understanding the prevalence of AR genes and bacteria during the Hajj: (i) epidemiological surveillance of AR genes in pilgrims before and after the Hajj, (ii) risk factors analysis concerning AR genes acquisition in pilgrims, (iii) molecular epidemiological studies of AR bacteria in pilgrims and other sources such patients, animals, and environments with the use of techniques such as multi-locus sequence typing and whole genome sequencing.