Soutenance de thèse de Van Thuan HOANG

Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Biologie-Santé - Spécialité Maladies Infectieuses
établissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
voyageurs internationaux,symptomes respiratoires,symptomes digestifs,,
Keywords
international travelers,respiratory symptoms,gastrointestinal symptoms,,
Titre de thèse
Epidémiologie des infections respiratoires et digestives chez les voyageurs internationaux dans le contexte de rassemblement de masse
Epidemiology of respiratory and gastrointestinal infections in international travelers in mass gatherings
Date
Jeudi 1 Juillet 2021 à 11:30
Adresse
IHU Méditerranée Infection - 19-21 Boulevard Jean Moulin, 13005 Marseille
Amphithéatre
Jury
Directeur de these M. Philippe GAUTRET IHU Méditerranée Infection
CoDirecteur de these M. Vincent POMMIER DE SANTI Centre d’épidémiologie et de santé publique des armées
Rapporteur Mme Marie KEMPF Institut de Biologie en Santé, CHU Angers
Rapporteur M. Michel CARLES Service d'Infectiologie, CHU Nice
Examinateur Mme Florence FENOLLAR IHU Méditerranée Infection
Examinateur M. Paul-Henri CONSIGNY Centre Médical de l'Institut Pasteur

Résumé de la thèse

Nous étudions l’épidémiologie des infections respiratoires et gastro-intestinales chez les pèlerins de Marseille participant au Hajj, ou pèlerinage à La Mecque en Arabie Saoudite et les pèlerins Sénégalais participant au Grand Magal de Touba. Les participants de notre étude ont été invités à répondre aux deux questionnaires standardisés : avant et après le pèlerinage. Des prélèvements par écouvillonnage nasal, pharyngé et rectal ont été systématiquement réalisés avant et après le voyage. Les principaux pathogènes respiratoires et gastro-intestinaux ont été recherchés par technique de biologie moléculaire. La présence de bactéries multi-résistantes aux antibiotiques et porteuses de gènes de résistance à la colistine ont été recherchés par culture puis séquençage du génome. Les facteurs de risques associés aux infections respiratoires et gastro-intestinales chez les pèlerins ont été recherchés par l’analyse statistique. Notre étude prospective chez les pèlerins du Hajj marseillais, de 2012 à 2018, a montré que l’âge moyen variait de 57,3 à 61,7 ans. De 81,2% à 93,4% des pèlerins ont présenté des symptômes respiratoires au cours de leur séjour. De même, 18,6% des pèlerins présentaient au moins un symptôme gastro-intestinal. L’étude du portage de pathogènes respiratoires et gastro-intestinaux avant, pendant et après le séjour montrait une acquisition significative en lien avec le pèlerinage. Nous avons aussi observé des liens statiquement significatifs entre le portage de certains agents pathogènes, la présence de pathologies chroniques, des caractéristiques démographiques, de l’application de mesures préventives, et la symptomatologie respiratoire et gastro-intestinale. Au moins un pathogène respiratoire était retrouvé sur près de 50% des prélèvements environnementaux (poignées de porte, tables, tentes, fontaines à eau, boutons d’ascenseur…). K. pneumoniae et rhinovirus étaient pathogènes les plus fréquemment retrouvés. Nous avons observé une prévalence importante d’utilisation inappropriée d’antibiotiques chez les pèlerins, ce qui est un des facteurs de risque de sélection et d’acquisition de bactéries multirésistantes. De fait, nos études ont montré que 19,4% des pèlerins ont acquis au moins une bactérie multirésistante au cours du Hajj. Par ailleurs, la prévalence de bactéries porteuses de gènes de résistance à la colistine était de 8,6%, avec l’identification pour la première fois de la circulation du gène de résistance mcr-4 au Hajj. Le Grand Magal à Touba au Sénégal est à la fois une cérémonie religieuse et une fête. Il est le plus grand rassemblement religieux musulman en Afrique de l'Ouest. En 2017, nous avons conduit une étude prospective avec 110 participants. La durée du séjour à Touba a été courte (3 jours). L'âge médian était de 20 ans. Au cours de la période d'étude, 41,8% pèlerins ont signalé au moins un symptôme respiratoire. La prévalence des rhinovirus, des coronavirus et des adénovirus a augmenté après le Magal avec des taux d’acquisition de 13,0, 16,7 et 4,6% respectivement. L'acquisition de bactéries variait de 3,7% pour S. pneumoniae à 26,9% pour H. influenzae. Au total, 14,6% des pèlerins ont signalé des symptômes gastro-intestinaux. L'acquisition de virus et de parasites gastro-intestinaux était faible, tandis que l'acquisition bactérienne variait de 2,2% pour C. jejuni à 33,3% pour E. coli entéropathogène. En décembre 2019, une nouvelle épidémie d’infection respiratoire aigüe, nommée COVID-19, causée par un nouveau coronavirus, le SARS-CoV-2, a émergé à Wuhan, en Chine. En conséquence, les rassemblements de masse ont été suspendus ou limités, au vu de la situation du COVID-19 dans les pays hôtes. Nous avons réalisé deux revues de littérature sur le risque de COVID-19 lié à ces événements. Une relation claire entre la suspension précoce des rassemblements religieux de masse et une fréquence moindre de transmission du COVID-19 dans les pays qui ont pris rapidement de telles mesures a été remarquée.

Thesis resume

We are studying the epidemiology of respiratory and gastrointestinal infections among pilgrims from Marseille participating in the Hajj, or pilgrimage to Mecca in Saudi Arabia, and Senegalese pilgrims participating in the Grand Magal of Touba. The participants of our study were invited to answer two standardized questionnaires: before and after the pilgrimage. Nasal, pharyngeal and rectal swabs were systematically taken before and after the trip. The main respiratory and gastrointestinal pathogens have been investigated using molecular biology techniques. The presence of bacteria multi-resistant to antibiotics and carrying genes for resistance to colistin were sought by culture and then sequencing of the genome. The risk factors associated with respiratory and gastrointestinal infections in pilgrims were investigated by statistical analysis. Our prospective study among Marseille Hajj pilgrims, from 2012 to 2018, showed that the average age ranged from 57.3 to 61.7 years. From 81.2% to 93.4% of the pilgrims presented respiratory symptoms during their stay. Likewise, 18.6% of the pilgrims presented at least one gastrointestinal symptom. The study of the carriage of respiratory and gastrointestinal pathogens before, during and after the stay showed a significant acquisition in connection with the pilgrimage. We also observed statically significant associations between the carriage of certain pathogens, the presence of chronic pathologies, demographic characteristics, the application of preventive measures, and respiratory and gastrointestinal symptoms. At least one respiratory pathogen was found on nearly 50% of the environmental samples (doorknobs, tables, tents, water fountains, elevator buttons, etc.). K. pneumoniae and rhinovirus were the most frequently found pathogens. We observed a high prevalence of inappropriate antibiotic use in pilgrims, which is one of the risk factors for the selection and acquisition of multidrug-resistant bacteria. In fact, our studies have shown that 19.4% of pilgrims acquired at least one multidrug resistant bacteria during the Hajj. Furthermore, the prevalence of bacteria carrying colistin resistance genes was 8.6%, with the identification for the first time of circulation of the mcr-4 resistance gene to Hajj. The Grand Magal in Touba in Senegal is both a religious ceremony and a celebration. It is the largest Muslim religious gathering in West Africa. In 2017, we conducted a prospective study with 110 participants. The length of stay in Touba was short (3 days). The median age was 20 years old. During the study period, 41.8% pilgrims reported at least one respiratory symptom. The prevalence of rhinoviruses, coronaviruses and adenoviruses increased after Magal with acquisition rates of 13.0, 16.7 and 4.6% respectively. Acquisition of bacteria ranged from 3.7% for S. pneumoniae to 26.9% for H. influenzae. A total of 14.6% of the pilgrims reported gastrointestinal symptoms. Acquisition of gastrointestinal viruses and parasites was low, while bacterial acquisition ranged from 2.2% for C. jejuni to 33.3% for enteropathogenic E. coli. In December 2019, a new outbreak of acute respiratory infection, named COVID-19, caused by a new coronavirus, SARS-CoV-2, emerged in Wuhan, China. As a result, mass gatherings have been suspended or limited, in view of the COVID-19 situation in host countries. We carried out two reviews of the literature on the risk of COVID-19 linked to these events. A clear relationship between the early suspension of mass religious gatherings and a lower frequency of transmission of COVID-19 in countries that have taken such measures quickly has been noted.