Soutenance de thèse de Rémy CHAR

Ecole Doctorale
Sciences de la Vie et de la Santé
Spécialité
Biologie-Santé - Spécialité Immunologie
établissement
Aix-Marseille Université
Mots Clés
Immunologie,lysosomes,Macrophages,Cellules dendritiques,RUFY,
Keywords
Immunology,Lysosomes,Macrophages,Dendritic cells,RUFY,
Titre de thèse
Etude de la protéine iRUFY3 sur le trafic endolysosomal des phagocytes professionnels
Study of iRUFY3 protein on endolysosomal trafficking of professional phagocytes
Date
Vendredi 16 Décembre 2022 à 14:00
Adresse
Centre d'Immunologie de Marseille-Luminy (CIML), Par scientifique et technologique de Luminy, Cedex 09, Marseille
Amphithéatre du CIML
Jury
Directeur de these M. Philippe PIERRE Centre d'Immunologie de Marseille Luminy
Rapporteur M. Mathias FAURE Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI)
Rapporteur M. Isabelle VERGNE Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS)
Examinateur Mme Anna Katharina SIMON Max Delbrück Center
Examinateur M. Philippe NAQUET Centre d'Immunologie de Marseille Luminy

Résumé de la thèse

Le trafic intracellulaire est essentiel pour la structure et la fonction des cellules. Afin d'accomplir des tâches cruciales telles que la phagocytose, la sécrétion ou la migration, les cellules doivent coordonner le transport multidirectionnel des organelles. Cette coordination repose sur certaines classes de protéines dotées de domaines spécialisés et conservés qui relient les membranes des organelles avec le transport intracellulaire. Les protéines capables d'interagir avec des sous-domaines membranaires enrichis en lipides phosphatidylinositol sont cruciales dans l’organisation des voies de l’endocytose. Les phagocytes sont des cellules spécialisées dans la phagocytose et la dégradation de composants extracellulaire pour pouvoir afin de présenter des antigènes aux lymphocytes. Dans ce manuscrit, je me concentrerai sur la famille des protéines adaptatrices RUFY, caractérisée par un domaine RUN qui interagit avec les petites protéines de liaison au GTP, et un domaine FYVE impliqué dans la reconnaissance du phosphatidylinositol-3-phosphate. Après une introduction sur le trafic endolysosomal et les cellules phagocytaires, je terminerai avec une rétrospective précise de cette famille de protéines. Ma thèse s’est portée spécifiquement sur RUFY3, l’un des membres de cette famille dont j’ai pu démontrer que l’expression est induite dans les phagocytes après détection des produits microbiens. J’ai pu aussi identifier une isoforme de cette protéine spécifique des cellules immunitaires, qui régule le positionnement intracellulaire des endolysosomes et contrôle la migration ainsi que la présentation antigénique dans les cellules dendritiques et macrophages. Cette fonction subcellulaire se traduit par une modulation de l’inflammation au niveau de l’animal entier soumis à une infection. Cette thèse met en évidence le rôle central de RUFY3 sur le trafic intracellulaire et son impact sur l’homéostasie des phagocytes.

Thesis resume

Intracellular trafficking is essential for cell structure and function. In order to perform crucial tasks such as phagocytosis, secretion or migration, cells must coordinate multidirectional organelle transport. This coordination relies on certain classes of proteins with specialized and conserved domains that link organelle membranes with intracellular transport. Proteins capable of interacting with membrane subdomains enriched in phosphatidylinositol lipids are crucial in organizing the pathways of endocytosis. Phagocytes are cells specialized in phagocytosis and degradation of extracellular components in order to present antigens to lymphocytes. In this manuscript, I will focus on the RUFY family of adaptor proteins, characterized by a RUN domain that interacts with small GTP-binding proteins, and an FYVE domain involved in the recognition of phosphatidylinositol-3-phosphate. After an introduction on endolysosomal trafficking and phagocytic cells, I will conclude with a precise retrospective of this protein family. My thesis focused specifically on RUFY3, one of the members of this family whose expression I was able to demonstrate is induced in phagocytes after detection of microbial products. I was also able to identify an isoform of this immune cell-specific protein, which regulates the intracellular positioning of endolysosomes and controls migration and antigen presentation in dendritic cells and macrophages. This subcellular function results in a modulation of inflammation at the level of the whole animal subjected to infection. This thesis highlights the central role of RUFY3 on intracellular trafficking and its impact on phagocyte homeostasis.